api_endpoints

# Ensembl REST API 端点参考 Ensembl REST API 中所有 17 个 API 端点类别的综合文档 (版本 115，2025 年 9 月)。 **基础 URL:** - 当前组装: `https://rest.ensembl.org` - GRCh37/hg19 (人类): `https://grch37.rest.ensembl.org` **速率限制:** - 匿名: 15 次请求/秒 - 已注册: 55,000 次请求/小时 ## 1. 归档 (Archive) 检索有关已停用 Ensembl 标识符的历史信息。 **GET /archive/id/:id** - 检索已停用标识符的归档条目 - 示例: `/archive/id/ENSG00000157764` (已停用的基因 ID) ## 2. 比较基因组学 (Comparative Genomics) 访问跨物种的基因树、基因组比对和同源性数据。 **GET /alignment/region/:species/:region** - 获取区域的基因组比对 - 示例: `/alignment/region/human/2:106040000-106040050:1?species_set_group=mammals` **GET /genetree/id/:id** - 检索基因家族的基因树 - 示例: `/genetree/id/ENSGT00390000003602` **GET /genetree/member/id/:id** - 通过成员基因 ID 获取基因树 - 示例: `/genetree/member/id/ENSG00000139618` **GET /homology/id/:id** - 查找基因的直系同源物和旁系同源物 - 参数: `target_species`, `type` (orthologues, paralogues, all) - 示例: `/homology/id/ENSG00000139618?target_species=mouse` **GET /homology/symbol/:species/:symbol** - 通过基因符号查找同源物 - 示例: `/homology/symbol/human/BRCA2?target_species=mouse` ## 3. 交叉引用 (Cross References) 将外部数据库标识符链接到 Ensembl 对象。 **GET /xrefs/id/:id** - 获取 Ensembl ID 的外部引用 - 示例: `/xrefs/id/ENSG00000139618` **GET /xrefs/symbol/:species/:symbol** - 通过基因符号获取交叉引用 - 示例: `/xrefs/symbol/human/BRCA2` **GET /xrefs/name/:species/:name** - 通过外部名称搜索对象 - 示例: `/xrefs/name/human/NP_000050` ## 4. 信息 (Information) 查询有关物种、组装、生物类型和数据库版本的元数据。 **GET /info/species** - 列出所有可用物种 - 返回物种名称、组装、分类 ID **GET /info/assembly/:species** - 获取物种的组装信息 - 示例: `/info/assembly/human` (返回 GRCh38.p14) **GET /info/assembly/:species/:region** - 获取染色体区域的详细信息 - 示例: `/info/assembly/human/X` **GET /info/biotypes/:species** - 列出所有可用生物类型 (基因类型) - 示例: `/info/biotypes/human` **GET /info/analysis/:species** - 列出可用分析类型 - 示例: `/info/analys