Pubchem Database API 参考

# PubChem API 参考 ## 概述 PubChem 是由美国国家生物技术信息中心 (NCBI) 维护的全球最大的免费化学数据库。它包含超过 1.1 亿个独特的化学结构，以及来自 770 多个数据源的 2.7 亿多条生物活性数据。 ## 数据库结构 PubChem 由三个主要子数据库组成： 1. **化合物数据库 (Compound Database)**：具有计算属性的唯一验证化学结构 2. **物质数据库 (Substance Database)**：来自数据源的已存化学物质记录 3. **生物测定数据库 (BioAssay Database)**：化学化合物的生物活性测试结果 ## PubChem PUG-REST API ### 基础 URL 结构 https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/// 组件： - ``: compound/cid, substance/sid, assay/aid, 或搜索规范 - ``: 可选操作，如 property, synonyms, classification 等 - ``: 格式，如 JSON, XML, CSV, PNG, SDF 等 ### 常见请求模式 #### 1. 按标识符检索 按 CID (化合物 ID) 获取化合物： GET /rest/pug/compound/cid/{cid}/property/{properties}/JSON 按名称获取化合物： GET /rest/pug/compound/name/{name}/property/{properties}/JSON 按 SMILES 获取化合物： GET /rest/pug/compound/smiles/{smiles}/property/{properties}/JSON 按 InChI 获取化合物： GET /rest/pug/compound/inchi/{inchi}/property/{properties}/JSON #### 2. 可用属性 可检索的常见分子属性： - `MolecularFormula`, `MolecularWeight`, `CanonicalSMILES`, `IsomericSMILES`, `InChI`, `InChIKey`, `IUPACName`, `XLogP`, `ExactMass`, `MonoisotopicMass`, `TPSA` (拓扑极性表面积), `Complexity`, `Charge`, `HBondDonorCount`, `HBondAcceptorCount`, `RotatableBondCount`, `HeavyAtomCount`, `IsotopeAtomCount`, `AtomStereoCount`, `BondStereoCount`, `CovalentUnitCount`, `Volume3D`, `XStericQuadrupole3D`, `YStericQuadrupole3D`, `ZStericQuadrupole3D`, `FeatureCount3D` 若要检索多个属性，请用逗号分隔： /property/MolecularFormula,MolecularWeight,CanonicalSMILES/JSON #### 3. 结构搜索操作 **相似性搜索**： POST /rest/pug/compound/similarity/smiles/{smiles}/JSON 参数: Threshold (默认 90%) **子结构搜索**： POST /rest/pug/compound/substructure/smiles/{smiles}/cids/JSON **超结构搜索**： POST /rest/pug/compound/superstructure/smiles/{smile