Zinc Database API 参考

# ZINC 数据库 API 参考 ## 概述 关于 ZINC 数据库编程访问的完整技术参考，涵盖了 ZINC22、ZINC20 及旧版本的 API 端点、查询语法、参数、响应格式和高级使用模式。 ## 基础 URL ### ZINC22（当前） - **CartBlanche22 API**: `https://cartblanche22.docking.org/` - **文件仓库**: `https://files.docking.org/zinc22/` - **主网站**: `https://zinc.docking.org/` ### ZINC20（维护中） - **API**: `https://zinc20.docking.org/` - **文件仓库**: `https://files.docking.org/zinc20/` ### 文档 - **Wiki**: `https://wiki.docking.org/` - **GitHub**: `https://github.com/docking-org/` ## API 端点 ### 1. 通过 ZINC ID 检索物质 使用 ZINC 标识符检索化合物信息。 **端点**: `/substances.txt` **参数**: - `zinc_id` (必需): 单个 ZINC ID 或逗号分隔的列表 - `output_fields` (可选): 逗号分隔的字段名称 (默认: 所有字段) **URL 格式**: https://cartblanche22.docking.org/substances.txt:zinc_id={ZINC_ID}&output_fields={FIELDS} **示例**: 单个化合物: bash curl "https://cartblanche22.docking.org/[email protected]_fields=zinc_id,smiles,catalogs" 多个化合物: bash curl "https://cartblanche22.docking.org/substances.txt:zinc_id=ZINC000000000001,ZINC000000000002,ZINC000000000003&output_fields=zinc_id,smiles,tranche" 从文件批量检索: bash # 创建包含 ZINC ID 的文件（每行一个或逗号分隔） curl -X POST "https://cartblanche22.docking.org/substances.txt?output_fields=zinc_id,smiles" -F "zinc_id=@zinc_ids.txt" **响应格式** (TSV): zinc_id smiles catalogs ZINC000000000001 CC(C)O [vendor1,vendor2] ZINC000000000002 c1ccccc1 [vendor3] ### 2. 通过 SMILES 进行结构搜索 按化学结构搜索化合物，并可选择相似性阈值。 **端点**: `/smiles.txt` **参数**: - `smiles` (必需): 查询的 SMILES 字符串 (必要时进行 URL 编码) - `dist` (可选): Tanimoto 距离阈值 (0-10, 默认: 0 = 精确匹配) - `adist` (可选): 其他距离度量 (0-10, 默认: 0) - `output_fields` (可选): 逗号分隔的字段名称 **URL 格式**: https://cartblanche22.docking.org/smiles.txt:smiles={SMILES}&dist={DIST}&adist={ADIST}&output_fields={FIELDS} **示例**: 精确结构匹配: bash curl "https://cartblanche22.docking.org/smiles.txt:smiles=c1ccccc1&output_fields=zinc_i