Pdb Database API 参考

# RCSB PDB API 参考 本文档提供了有关 RCSB 蛋白质数据库 (Protein Data Bank) API 的详细信息，包括高级使用模式、数据模式和最佳实践。 ## API 概览 RCSB PDB 提供了多种编程接口： 1. **Data API** - 当您拥有标识符时检索 PDB 数据 2. **Search API** - 查找符合特定搜索条件的标识符 3. **ModelServer API** - 访问大分子模型子集 4. **VolumeServer API** - 检索体积数据子集 5. **Sequence Coordinates API** - 获取结构数据库与序列数据库之间的比对 6. **Alignment API** - 执行结构比对计算 ## Data API ### 核心数据对象 Data API 按层级组织信息： - **core_entry**: PDB 条目或计算结构模型 (CSM ID 以 AF_ 或 MA_ 开头) - **core_polymer_entity**: 蛋白质、DNA 和 RNA 实体 - **core_nonpolymer_entity**: 配体、辅因子、离子 - **core_branched_entity**: 寡糖 - **core_assembly**: 生物组装体 - **core_polymer_entity_instance**: 单个链 - **core_chem_comp**: 化学组件 ### REST API 端点 基础 URL: `https://data.rcsb.org/rest/v1/` **条目数据:** GET https://data.rcsb.org/rest/v1/core/entry/{entry_id} **聚合物实体:** GET https://data.rcsb.org/rest/v1/core/polymer_entity/{entry_id}_{entity_id} **组装体:** GET https://data.rcsb.org/rest/v1/core/assembly/{entry_id}/{assembly_id} **示例:** bash # 获取血红蛋白的条目数据 curl https://data.rcsb.org/rest/v1/core/entry/4HHB # 获取第一个聚合物实体 curl https://data.rcsb.org/rest/v1/core/polymer_entity/4HHB_1 # 获取生物组装体 1 curl https://data.rcsb.org/rest/v1/core/assembly/4HHB/1 ### GraphQL API 端点: `https://data.rcsb.org/graphql` GraphQL API 支持灵活的数据检索，允许您在单个查询中从层级的任何级别获取任何数据片段。 **查询示例:** graphql { entry(entry_id: "4HHB") { struct { title } exptl { method } rcsb_entry_info { resolution_combined deposited_atom_count polymer_entity_count } rcsb_accession_info { deposit_date initial_release_date } } } **Python 示例:** python import requests query = """ { polymer_entity(entity_id: "4HHB_1") { rcsb_polymer_entity { pdbx_description formula_weight } entity_poly { pdbx