Pubmed Database API 参考

# PubMed E-utilities API 参考 ## 概述 NCBI E-utilities 通过 REST API 提供对 PubMed 和其他 Entrez 数据库的编程访问。所有 E-utilities 的基础 URL 为： https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/ ## API 密钥要求 自 2018 年 12 月 1 日起，NCBI 强制要求 E-utility 调用使用 API 密钥。API 密钥将速率限制从每秒 3 次请求提高到每秒 10 次。要获取 API 密钥，请注册 NCBI 账户并在账户设置中生成密钥。 在请求中使用 `&api_key` 参数包含 API 密钥： esearch.fcgi?db=pubmed&term=cancer&api_key=YOUR_API_KEY ## 速率限制 - **无 API 密钥**：每秒 3 次请求 - **有 API 密钥**：每秒 10 次请求 - 请求中始终包含 User-Agent 标头 ## 核心 E-utility 工具 ### 1. ESearch - 查询数据库 **端点**：`esearch.fcgi` **目的**：搜索 Entrez 数据库并检索 UID 列表（例如 PubMed 的 PMID） **必需参数**： - `db` - 要搜索的数据库（例如 pubmed, gene, protein） - `term` - 搜索查询 **可选参数**： - `retmax` - 返回的最大记录数（默认：20，最大：10000） - `retstart` - 返回的第一条记录的索引（默认：0） - `usehistory=y` - 将结果存储在历史服务器上以处理大数据集 - `retmode` - 返回格式 (xml, json) - `sort` - 排序顺序 (relevance, pub_date, first_author, last_author, journal) - `field` - 将搜索限制在特定字段 - `datetype` - 用于过滤的日期类型 (pdat 为出版日期) - `mindate` - 最小日期 (YYYY/MM/DD 格式) - `maxdate` - 最大日期 (YYYY/MM/DD 格式) **请求示例**： esearch.fcgi?db=pubmed&term=breast+cancer&retmax=100&retmode=json&api_key=YOUR_API_KEY **响应元素**： - `Count` - 匹配查询的记录总数 - `RetMax` - 此响应中返回的记录数 - `RetStart` - 返回的第一条记录的索引 - `IdList` - UID (PMID) 列表 - `WebEnv` - 历史服务器环境字符串 (当 usehistory=y 时) - `QueryKey` - 历史服务器的查询键 (当 usehistory=y 时) ### 2. EFetch - 下载记录 **端点**：`efetch.fcgi` **目的**：以各种格式从数据库检索完整记录 **必需参数**： - `db` - 数据库名称 - `id` - 以逗号分隔的 UID 列表，或使用 ESearch 中的 WebEnv/query_key **可选参数**： - `rettype` - 记录类型 (abstract, medline, xml, uilist) - `retmode` - 返回模式 (text, xml) - `ret