Metabolomics Workbench Database API 参考

# 代谢组学工作台 (Metabolomics Workbench) REST API 参考 ## 基础 URL 所有 API 请求均使用以下基础 URL： https://www.metabolomicsworkbench.org/rest/ ## API 结构 REST API 遵循一致的 URL 模式： /context/input_item/input_value/output_item/output_format - **context**: 要访问的资源类型 (study, compound, refmet, metstat, gene, protein, moverz) - **input_item**: 标识符或搜索参数的类型 - **input_value**: 要搜索的具体值 - **output_item**: 要返回的数据内容 (例如: all, name, summary) - **output_format**: json 或 txt (如果省略，默认为 json) ## 输出格式 - **json**: 机器可读的 JSON 格式 (默认) - **txt**: 人类可读的制表符分隔文本格式 ## 上下文 1: Compound (化合物) 检索代谢物结构和鉴定数据。 ### 输入项 | 输入项 | 描述 | 示例 | |------------|-------------|---------| | `regno` | 代谢组学工作台注册号 | 11 | | `pubchem_cid` | PubChem 化合物 ID | 5281365 | | `inchi_key` | 国际化学标识符键 | WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N | | `formula` | 分子式 | C6H12O6 | | `lm_id` | LIPID MAPS ID | LM... | | `hmdb_id` | 人类代谢组数据库 ID | HMDB0000122 | | `kegg_id` | KEGG 化合物 ID | C00031 | ### 输出项 | 输出项 | 描述 | |-------------|-------------| | `all` | 所有可用的化合物数据 | | `classification` | 化合物分类 | | `regno` | 注册号 | | `formula` | 分子式 | | `exactmass` | 精确质量 | | `inchi_key` | InChI Key | | `name` | 通用名称 | | `sys_name` | 系统名称 | | `smiles` | SMILES 表示法 | | `lm_id` | LIPID MAPS ID | | `pubchem_cid` | PubChem CID | | `hmdb_id` | HMDB ID | | `kegg_id` | KEGG ID | | `chebi_id` | ChEBI ID | | `metacyc_id` | MetaCyc ID | | `molfile` | MOL 文件结构 | | `png` | 结构 PNG 图像 | ### 请求示例 bash # 通过 PubChem CID 获取所有化合物数据 curl "https://www.metabolomicsworkbench.org/rest/compound/pubchem_cid/5281365/all/json" # 通过注册号获取化合物名称 curl "https://www.metabolomicsworkbench.org/rest/compound/regno/11/name/json" # 将结构下载为 PNG curl "https://www.metabolomicsworkbench.org/rest/compound/regno/11/png" -o structure.png # 通过 KEGG ID 获取化合物 curl "https://www.metabolomicsworkbench.org/rest/compound/kegg_id/C00031/all/json" # 通过分子式获取化合物 curl "https://www.metabolomicsworkb