Reactome Database API 参考

# Reactome API 参考 本文档提供了 Reactome REST API 的全面参考信息。 ## 基础 URL - **内容服务 (Content Service)**: `https://reactome.org/ContentService` - **分析服务 (Analysis Service)**: `https://reactome.org/AnalysisService` ## 内容服务 API 内容服务通过 REST 端点提供对 Reactome 经审阅通路数据的访问。 ### 数据库信息 #### 获取数据库版本 GET /data/database/version **响应：** 包含数据库版本号的纯文本 **示例：** python import requests response = requests.get("https://reactome.org/ContentService/data/database/version") print(response.text) # 例如 "94" #### 获取数据库名称 GET /data/database/name **响应：** 包含数据库名称的纯文本 ### 实体查询 #### 按 ID 查询实体 GET /data/query/{id} **参数：** - `id` (路径): 稳定标识符或数据库 ID (例如 "R-HSA-69278") **响应：** 包含完整实体信息的 JSON 对象，包括： - `stId`: 稳定标识符 - `displayName`: 人类可读名称 - `schemaClass`: 实体类型（通路、反应、复合物等） - `species`: 物种信息数组 - 其他类型特定字段 **示例：** python import requests response = requests.get("https://reactome.org/ContentService/data/query/R-HSA-69278") pathway = response.json() print(f"Pathway: {pathway['displayName']}") print(f"Species: {pathway['species'][0]['displayName']}") #### 查询实体属性 GET /data/query/{id}/{attribute} **参数：** - `id` (路径): 实体标识符 - `attribute` (路径): 特定属性名称 (例如 "displayName", "compartment") **响应：** 根据属性类型返回 JSON 或纯文本 **示例：** python response = requests.get("https://reactome.org/ContentService/data/query/R-HSA-69278/displayName") name = response.text ### 通路查询 #### 获取通路实体 GET /data/event/{id}/participatingPhysicalEntities **参数：** - `id` (路径): 通路或反应稳定标识符 **响应：** 通路中参与的物理实体（蛋白质、复合物、小分子）的 JSON 数组 **示例：** python response = requests.get( "https://reactome.org/ContentService/data/event/R-HSA-69278/participatingPhysicalEntities" ) entities = response.json() for entity in entities: print(f"{entity['stId']}: {entity['displayName']} ({entity['schemaClass']})") #### 获取容器