Etetoolkit API 参考

# ETE 工具包 API 参考 ## 概述 ETE (Environment for Tree Exploration) 是一个用于系统发育树操作、分析和可视化的 Python 工具包。本参考涵盖了主要类和方法。 ## 核心类 ### TreeNode (别名: Tree) 表示具有层次节点组织的树结构的基础类。 **构造函数：** python from ete3 import Tree t = Tree(newick=None, format=0, dist=None, support=None, name=None) **参数：** - `newick`: Newick 字符串或文件路径 - `format`: Newick 格式 (0-100)。常见格式： - `0`: 带有分支长度和名称的灵活格式 - `1`: 带有内部节点名称 - `2`: 带有引导值/支持值 - `5`: 内部节点名称和分支长度 - `8`: 所有特征 (名称、距离、支持值) - `9`: 仅叶节点名称 - `100`: 仅拓扑结构 - `dist`: 到父节点的分支长度 (默认: 1.0) - `support`: 引导值/置信度 (默认: 1.0) - `name`: 节点标识符 ### PhyloTree 用于系统发育分析的专用类，继承自 TreeNode。 **构造函数：** python from ete3 import PhyloTree t = PhyloTree(newick=None, alignment=None, alg_format='fasta', sp_naming_function=None, format=0) **附加参数：** - `alignment`: 比对文件路径或比对字符串 - `alg_format`: 'fasta' 或 'phylip' - `sp_naming_function`: 从节点名称中提取物种名的自定义函数 ### ClusterTree 用于层次聚类分析的类。 **构造函数：** python from ete3 import ClusterTree t = ClusterTree(newick, text_array=None) **参数：** - `text_array`: 带有列标题和行名称的制表符分隔矩阵 ### NCBITaxa 用于 NCBI 分类数据库操作的类。 **构造函数：** python from ete3 import NCBITaxa ncbi = NCBITaxa(dbfile=None) 首次实例化会下载约 300MB 的 NCBI 分类数据库到 `~/.etetoolkit/taxa.sqlite`。 ## 节点属性 ### 基础属性 | 属性 | 类型 | 描述 | 默认值 | |----------|------|-------------|---------| | `name` | str | 节点标识符 | "NoName" | | `dist` | float | 到父节点的分支长度 | 1.0 | | `support` | float | 引导值/置信度 | 1.0 | | `up` | TreeNode | 父节点引用 | None | | `children` | list | 子节点列表 | [] | ### 自定义特征 向节点添加任何自定义数据： python node.add_feature("custom_name", value) node.add_features(feature1=value1, feature2=value2) 访问特征： python value = no