Molfeat API 参考

# Molfeat API 参考 ## 核心模块 Molfeat 被组织成几个关键模块，提供分子特征化的不同方面： - **`molfeat.store`** - 管理模型加载、列表和注册 - **`molfeat.calc`** - 提供单分子特征化计算器 - **`molfeat.trans`** - 提供兼容 scikit-learn 的批处理转换器 - **`molfeat.utils`** - 数据处理的实用函数 - **`molfeat.viz`** - 分子特征的可视化工具 --- ## molfeat.calc - 计算器 计算器是可调用的对象，将单个分子转换为特征向量。它们接受 RDKit `Chem.Mol` 对象或 SMILES 字符串作为输入。 ### SerializableCalculator (基类) 所有计算器的基础抽象类。子类化时，必须实现： - `__call__()` - 特征化所需的方法 - `__len__()` - 可选，返回输出长度 - `columns` - 可选属性，返回特征名称 - `batch_compute()` - 可选，用于高效批处理 **状态管理方法：** - `to_state_json()` - 将计算器状态保存为 JSON - `to_state_yaml()` - 将计算器状态保存为 YAML - `from_state_dict()` - 从状态字典加载计算器 - `to_state_dict()` - 将计算器状态导出为字典 ### FPCalculator 计算分子指纹。支持 15 种以上的指纹方法。 **支持的指纹类型：** **结构指纹：** - `ecfp` - 扩展连接性指纹 (环形) - `fcfp` - 功能类指纹 - `rdkit` - RDKit 拓扑指纹 - `maccs` - MACCS 键 (166 位结构键) - `avalon` - Avalon 指纹 - `pattern` - 模式指纹 - `layered` - 分层指纹 **基于原子的指纹：** - `atompair` - 原子对指纹 - `atompair-count` - 计数原子对 - `topological` - 拓扑扭转指纹 - `topological-count` - 计数拓扑扭转 **专用指纹：** - `map4` - MinHashed 原子对指纹（最多 4 个键） - `secfp` - SMILES 扩展连接性指纹 - `erg` - 扩展简化图 - `estate` - 电拓扑状态指数 **参数：** - `method` (str) - 指纹类型名称 - `radius` (int) - 环形指纹的半径（默认：3） - `fpSize` (int) - 指纹大小（默认：2048） - `includeChirality` (bool) - 是否包含手性信息 - `counting` (bool) - 使用计数向量而非二进制 **用法：** python from mo