app-development

# DNAnexus 应用开发 ## 概述 应用（Apps）和小程序（Applets）是在 DNAnexus 平台上运行的可执行程序。它们可以用 Python 或 Bash 编写，并随所有必要的依赖项和配置一起部署。 ## 小程序 vs 应用 - **小程序 (Applets)**: 存在于项目内部的数据对象。适合开发和测试。 - **应用 (Apps)**: 版本化、可共享的可执行程序，不驻留在项目内部。可以发布供他人使用。 两者在最终构建步骤之前创建方式相同。小程序以后可以转换为应用。 ## 创建应用/小程序 ### 使用 dx-app-wizard 生成骨架应用目录结构： bash dx-app-wizard 这将创建： - `dxapp.json` - 配置文件 - `src/` - 源代码目录 - `resources/` - 打包的依赖项 - `test/` - 测试文件 ### 构建与部署 构建小程序： bash dx build 构建应用： bash dx build --app 构建过程： 1. 验证 dxapp.json 配置 2. 打包源代码和资源 3. 部署到平台 4. 返回小程序/应用 ID ## 应用目录结构 my-app/ ├── dxapp.json # 元数据和配置 ├── src/ │ └── my-app.py # 主可执行文件 (Python) │ └── my-app.sh # 或 Bash 脚本 ├── resources/ # 打包的文件和依赖项 │ └── tools/ │ └── data/ └── test/ # 测试数据和脚本 └── test.json ## Python 应用结构 ### 入口点 Python 应用使用 `@dxpy.entry_point()` 装饰器来定义函数： python import dxpy @dxpy.entry_point('main') def main(input1, input2): # 处理输入 # 返回输出 return { "output1": result1, "output2": result2 } dxpy.run() ### 输入/输出处理 **输入**: DNAnexus 数据对象表示为包含链接的字典： python @dxpy.entry_point('main') def main(reads_file): # 将链接转换为处理器 reads_dxfile = dxpy.DXFile(reads_file) # 下载到本地文件系统 dxpy.download_dxfile(reads_dxfile.get_id(), "reads.fastq") # 处理文件... **输出**: 直接返回原始类型，将文件输出转换为链接： python # 上传结果文件 output_file = dxpy.upload_local_file("output.fastq") return { "trimmed_reads": dxpy.dxlink(output_file) } ## Bash 应用结构 Bash 应用使用更简单的 shell 脚本方法： bash #!/bin/bash set -e -x -o pipefail main() { # 下载在