benchling-integration

# Benchling 集成 ## 概述 Benchling 是一个用于生命科学研发的云平台。通过 Python SDK 和 REST API 以编程方式访问注册表实体（DNA、蛋白质）、库存、电子实验记录本和工作流。 ## 何时使用此技能 当需要执行以下操作时使用此技能： - 使用 Benchling 的 Python SDK 或 REST API - 管理生物序列（DNA、RNA、蛋白质）和注册表实体 - 自动化库存操作（样本、容器、位置、转移） - 创建或查询电子实验记录本条目 - 构建工作流自动化或 Benchling 应用 - 在 Benchling 与外部系统之间同步数据 - 查询 Benchling 数据仓库进行分析 - 设置基于 AWS EventBridge 的事件驱动集成 ## 核心能力 ### 1. 认证与设置 **Python SDK 安装：** python # 稳定版本 uv pip install benchling-sdk # 或使用 Poetry poetry add benchling-sdk **认证方法：** API 密钥认证（推荐用于脚本）： python from benchling_sdk.benchling import Benchling from benchling_sdk.auth.api_key_auth import ApiKeyAuth benchling = Benchling( url="https://your-tenant.benchling.com", auth_method=ApiKeyAuth("your_api_key") ) OAuth 客户端凭据（用于应用）： python from benchling_sdk.auth.client_credentials_oauth2 import ClientCredentialsOAuth2 auth_method = ClientCredentialsOAuth2( client_id="your_client_id", client_secret="your_client_secret" ) benchling = Benchling( url="https://your-tenant.benchling.com", auth_method=auth_method ) **关键点：** - API 密钥可从 Benchling 的个人资料设置中获取 - 安全存储凭据（使用环境变量或密码管理器） - 所有 API 请求均需使用 HTTPS - 认证权限与用户在 UI 中的权限一致 有关包括 OIDC 和安全最佳实践在内的详细认证信息，请参考 `references/authentication.md`。 ### 2. 注册表与实体管理 注册表实体包括 DNA 序列、RNA 序列、氨基酸序列、自定义实体和混合物。SDK 提供了用于创建和管理这些实体的类型化类。 **创建 DNA 序列：** python from benchling_sdk.models import DnaSequenceCreate sequence = benchling.dna_sequences.create( DnaSequenceCreate( name="My Plasmid", bases="ATCGATCG", is_circular=True, folder_id="fld_abc123", schema_id="ts_abc123", # option