chemical-analysis

# 化学属性与相似性分析 ## 概述 DrugBank 提供广泛的化学属性数据，包括分子结构、物理化学性质和计算描述符。这些信息支持基于结构的分析、相似性搜索和 QSAR 建模。 ## 化学标识符与结构 ### 可用的结构格式 - **SMILES**: 简化分子线性输入规范 - **InChI**: 国际化学标识符 - **InChIKey**: 用于数据库搜索的哈希 InChI - **分子式**: 化学式（例如 C9H8O4） - **IUPAC 名称**: 系统化学名称 - **传统名称**: 通用名称和同义词 ### 提取化学结构 python from drugbank_downloader import get_drugbank_root def get_drug_structures(drugbank_id): """提取化学结构表示""" root = get_drugbank_root() ns = {'db': 'http://www.drugbank.ca'} for drug in root.findall('db:drug', ns): primary_id = drug.find('db:drugbank-id[@primary="true"]', ns) if primary_id is not None and primary_id.text == drugbank_id: structures = {} # 获取计算属性 calc_props = drug.find('db:calculated-properties', ns) if calc_props is not None: for prop in calc_props.findall('db:property', ns): kind = prop.find('db:kind', ns).text value = prop.find('db:value', ns).text if kind in ['SMILES', 'InChI', 'InChIKey', 'Molecular Formula', 'IUPAC Name']: structures[kind] = value return structures return {} # 使用示例 structures = get_drug_structures('DB00001') print(f"SMILES: {structures.get('SMILES')}") print(f"InChI: {structures.get('InChI')}") ## 物理化学性质 ### 计算属性 从结构计算得出的属性： - **分子量**: 道尔顿单位的精确质量 - **logP**: 分配系数（亲脂性） - **logS**: 水溶性 - **极性表面积 (PSA)**: 拓扑极性表面积 - **氢键供体**: 氢键供体数量 - **氢键受体**: 氢键受体数量 - **可旋转键**: 可旋转键数量 - **折射率**: 摩尔折射率 - **极化率**: 分子极化率 ### 实验属性 文献中测得的属性： - **熔点**: 物理熔点 - **水溶性**: 实验溶解度数据