Gtars 命令行工具

# 命令行接口 Gtars 提供了一个全面的 CLI，可直接在终端进行基因组区间分析。 ## 安装 bash # 安装所有功能 cargo install gtars-cli --features "uniwig overlaprs igd bbcache scoring fragsplit" # 仅安装特定功能 cargo install gtars-cli --features "uniwig overlaprs" ## 全局选项 bash # 显示帮助 gtars --help # 显示版本 gtars --version # 详细输出 gtars --verbose # 静默模式 gtars --quiet ## IGD 命令 构建并查询 IGD 索引以进行重叠检测： bash # 构建 IGD 索引 gtars igd build --input regions.bed --output regions.igd # 查询单个区域 gtars igd query --index regions.igd --region "chr1:1000-2000" # 从文件查询 gtars igd query --index regions.igd --query-file queries.bed --output results.bed # 计算重叠数量 gtars igd count --index regions.igd --query-file queries.bed ## 重叠 (Overlap) 命令 计算基因组区域集之间的重叠： bash # 查找重叠区域 gtars overlaprs overlap --set-a regions_a.bed --set-b regions_b.bed --output overlaps.bed # 计算重叠数量 gtars overlaprs count --set-a regions_a.bed --set-b regions_b.bed # 按重叠过滤区域 gtars overlaprs filter --input regions.bed --filter overlapping.bed --output filtered.bed # 减去区域 gtars overlaprs subtract --set-a regions_a.bed --set-b regions_b.bed --output difference.bed ## Uniwig 命令 从基因组区间生成覆盖率轨迹： bash # 生成覆盖率轨迹 gtars uniwig generate --input fragments.bed --output coverage.wig # 指定分辨率 gtars uniwig generate --input fragments.bed --output coverage.wig --resolution 10 # 生成 BigWig gtars uniwig generate --input fragments.bed --output coverage.bw --format bigwig # 链特异性覆盖率 gtars uniwig generate --input fragments.bed --output forward.wig --strand + ## BBCache 命令 缓存并管理来自 BEDbase.org 的 BED 文件： bash # 从 bedbase 缓存 BED 文件 gtars bbcache fetch --id --output cached.bed # 列出缓存文件 gtars bbcache list # 清除缓存 gtars bbcache clear # 更新缓存 gtars bbcache update ## 评分 (Scoring) 命令 针对参考数据集对片段重叠进行评分： bash # 片段评分 gtars scoring score --fragments fragments.bed --reference reference.bed --output scores.txt # 批量评分 gtars scoring batch --fragments-dir ./fragments/ --reference referen