conformers_module

# Datamol 构象模块参考 `datamol.conformers` 模块提供了用于生成和分析 3D 分子构象的工具。 ## 构象生成 ### `dm.conformers.generate(mol, n_confs=None, rms_cutoff=None, minimize_energy=True, method='ETKDGv3', add_hs=True, ...)` 生成 3D 分子构象。 - **参数**： - `mol`: 输入分子 - `n_confs`: 要生成的构象数量（若为 None，则根据可旋转键自动确定） - `rms_cutoff`: 用于过滤相似构象的 RMS 阈值（单位：埃，用于去除重复项） - `minimize_energy`: 应用 UFF 能量最小化（默认：True） - `method`: 嵌入方法 - 选项： - `'ETDG'` - 实验扭转距离几何 - `'ETKDG'` - 带有额外基础知识的 ETDG - `'ETKDGv2'` - 增强版 2 - `'ETKDGv3'` - 增强版 3（默认，推荐） - `add_hs`: 在嵌入前添加氢原子（默认：True，对质量至关重要） - `random_seed`: 设置随机种子以保证可重复性 - **返回**：带有嵌入构象的分子 - **示例**： python mol = dm.to_mol("CCO") mol_3d = dm.conformers.generate(mol, n_confs=10, rms_cutoff=0.5) conformers = mol_3d.GetConformers() # 访问所有构象 ## 构象聚类 ### `dm.conformers.cluster(mol, rms_cutoff=1.0, already_aligned=False, centroids=False)` 按 RMS 距离对构象进行分组。 - **参数**： - `rms_cutoff`: 聚类阈值（单位：埃，默认：1.0） - `already_aligned`: 构象是否已预先对齐 - `centroids`: 返回质心构象 (True) 还是聚类组 (False) - **返回**：聚类信息或质心构象 - **用例**：识别不同的构象家族 ### `dm.conformers.return_centroids(mol, conf_clusters, centroids=True)` 从聚类中提取代表性构象。 - **参数**： - `conf_clusters`: 来自 `cluster()` 的聚类索引序列 - `centroids`: 返回单个分子 (True) 还是分子列表 (False) - **返回**：质心构象 ## 构象分析 ### `dm.conformers.rmsd(mol)` 计算所有构象之间的成对 RMSD 矩阵。 - **要求**：至少 2 个构象 - **返回**：RMSD 值的 NxN 矩阵 - **用例**：量化构象多样性 ### `dm.conformers.sasa(mol, n_jobs=1, ...)` 使用 FreeSASA 计算溶剂可及表面积 (SASA)。 - **参数**： - `n_jobs`: 多构象并行化 - **返回**：数组