consensus_peaks

# 共识峰 (Consensus Peaks): Universe 构建 ## 概述 Geniml 提供了用于构建基因组“universes”的工具——即从 BED 文件集合中提取标准化的共识峰参考集。这些 universes 代表了分析数据集显示出显著覆盖重叠的基因组区域，作为分词和分析的参考词汇表。 ## 何时使用 在以下情况使用共识峰创建： - 从多个实验构建参考峰集 - 为 Region2Vec 或 BEDspace 分词创建 universe 文件 - 标准化跨数据集的基因组区域 - 定义具有统计学意义的感兴趣区域 ## 工作流 ### 第 1 步：合并 BED 文件 将所有 BED 文件合并为一个单一文件： bash cat /path/to/bed/files/*.bed > combined_files.bed ### 第 2 步：生成覆盖轨道 使用带有平滑窗口的 uniwig 创建 bigWig 覆盖轨道： bash uniwig -m 25 combined_files.bed chrom.sizes coverage/ **参数：** - `-m 25`：平滑窗口大小（染色质可及性通常为 25bp） - `chrom.sizes`：基因组染色体大小文件 - `coverage/`：bigWig 文件的输出目录 平滑窗口有助于减少噪声并创建更稳健的峰边界。 ### 第 3 步：构建 Universe 使用四种方法之一构建共识峰： ## Universe 构建方法 ### 1. 覆盖截止 (Coverage Cutoff, CC) 使用固定覆盖阈值的最简单方法： bash geniml universe build cc --coverage-folder coverage/ --output-file universe_cc.bed --cutoff 5 --merge 100 --filter-size 50 **参数：** - `--cutoff`：覆盖阈值（1 = 并集；文件数 = 交集） - `--merge`：合并相邻峰的距离 (bp) - `--filter-size`：包含的最小峰大小 (bp) **适用场景：** 简单的基于阈值的选择即可满足需求时 ### 2. 灵活覆盖截止 (Coverage Cutoff Flexible, CCF) 围绕边界和区域核心的似然截止值创建置信区间： bash geniml universe build ccf --coverage-folder coverage/ --output-file universe_ccf.bed --cutoff 5 --confidence 0.95 --merge 100 --filter-size 50 **附加参数：** - `--confidence`：灵活边界的置信水平 (0-1) **适用场景：** 需要捕获峰边界不确定性时 ### 3. 最大似然 (Maximum Likelihood, ML) 构建考虑区域起始/结束位置的概率模型： bash geniml universe build ml --coverage-