core_api

# Datamol 核心 API 参考 本文档涵盖了 datamol 命名空间中可用的主要函数。 ## 分子创建与转换 ### `to_mol(mol, ...)` 将 SMILES 字符串或其他分子表示转换为 RDKit 分子对象。 - **参数**: 接受 SMILES 字符串、InChI 或其他分子格式 - **返回**: `rdkit.Chem.Mol` 对象 - **常用用法**: `mol = dm.to_mol("CCO")` ### `from_inchi(inchi)` 将 InChI 字符串转换为分子对象。 ### `from_smarts(smarts)` 将 SMARTS 模式转换为分子对象。 ### `from_selfies(selfies)` 将 SELFIES 字符串转换为分子对象。 ### `copy_mol(mol)` 创建分子对象的副本，以避免修改原始对象。 ## 分子导出 ### `to_smiles(mol, ...)` 将分子对象转换为 SMILES 字符串。 - **常用参数**: `canonical=True`, `isomeric=True` ### `to_inchi(mol, ...)` 将分子转换为 InChI 字符串表示。 ### `to_inchikey(mol)` 将分子转换为 InChI Key（固定长度哈希）。 ### `to_smarts(mol)` 将分子转换为 SMARTS 模式。 ### `to_selfies(mol)` 将分子转换为 SELFIES (Self-Referencing Embedded Strings) 格式。 ## 清洗与标准化 ### `sanitize_mol(mol, ...)` RDKit 清洗操作的增强版，使用 mol→SMILES→mol 转换和芳香氮修复。 - **目的**: 修复常见的分子结构问题 - **返回**: 清洗后的分子，若清洗失败则返回 None ### `standardize_mol(mol, disconnect_metals=False, normalize=True, reionize=True, ...)` 应用全面的标准化程序，包括： - 金属断开 - 标准化（电荷校正） - 再电离 - 片段处理（选择最大片段） ### `standardize_smiles(smiles, ...)` 直接对 SMILES 字符串应用 SMILES 标准化程序。 ### `fix_mol(mol)` 尝试自动修复分子结构问题。 ### `fix_valence(mol)` 纠正分子结构中的化合价错误。 ## 分子属性 ### `reorder_atoms(mol, ...)` 确保同一分子无论原始 SMILES 表示如何，原子排序均保持一致。 - **目的**: 保持特征生成的可重复性 ### `remove_hs(mol, ...)` 从分子结构中移除氢原子。 ### `add_hs(mol, ...)` 向分子结构中添加显式氢原子。 ## 指纹与相似度 ### `to_fp(mol, fp_type='ecfp', ...)` 生成用于相似度计算的分子指纹。 - **指纹类型**：