Drugbank Database 数据访问

# DrugBank 数据访问 ## 身份验证与设置 ### 账户创建 访问 DrugBank 数据需要用户身份验证： 1. 在 go.drugbank.com 创建账户 2. 接受许可协议（学术用途免费，商业用途付费） 3. 获取用户名和密码凭据 ### 凭据管理 **环境变量（推荐）** bash export DRUGBANK_USERNAME="your_username" export DRUGBANK_PASSWORD="your_password" **配置文件** 创建 `~/.config/drugbank.ini`： ini [drugbank] username = your_username password = your_password **直接指定** python # 直接传递凭据（生产环境不推荐） download_drugbank(username="user", password="pass") ## Python 包安装 ### drugbank-downloader 程序化访问的主要工具： bash pip install drugbank-downloader **要求：** Python >=3.9 ### 可选依赖 bash pip install bioversions # 用于自动检测最新版本 pip install lxml # 用于 XML 解析优化 ## 数据下载方法 ### 下载完整数据库 python from drugbank_downloader import download_drugbank # 下载特定版本 path = download_drugbank(version='5.1.7') # 返回：~/.data/drugbank/5.1.7/full database.xml.zip # 下载最新版本（需要 bioversions） path = download_drugbank() ### 自定义存储位置 python # 自定义存储前缀 path = download_drugbank(prefix=['custom', 'location', 'drugbank']) # 存储于：~/.data/custom/location/drugbank/[version]/ ### 验证下载 python import os if os.path.exists(path): size_mb = os.path.getsize(path) / (1024 * 1024) print(f"下载成功: {size_mb:.1f} MB") ## 处理已下载数据 ### 无需解压直接打开压缩的 XML python from drugbank_downloader import open_drugbank import xml.etree.ElementTree as ET # 直接从 zip 文件打开 with open_drugbank() as file: tree = ET.parse(file) root = tree.getroot() ### 解析 XML 树 python from drugbank_downloader import parse_drugbank, get_drugbank_root # 获取解析后的树 tree = parse_drugbank() # 直接获取根元素 root = get_drugbank_root() ### CLI 使用 bash # 使用命令行下载 drugbank_downloader --username USER --password PASS # 下载最新版本 drugbank_downloader ## 数据格式与版本 ### 可用格式 - **XML**: 主要格式，数据最全面 - **JSON*