descriptors_viz

# Datamol 描述符与可视化参考 ## 描述符模块 (`datamol.descriptors`) 描述符模块提供了用于计算分子属性和描述符的工具。 ### 专业描述符函数 #### `dm.descriptors.n_aromatic_atoms(mol)` 计算芳香族原子的数量。 - **返回**: 整数计数 - **用例**: 芳香性分析 #### `dm.descriptors.n_aromatic_atoms_proportion(mol)` 计算芳香族原子占总重原子的比例。 - **返回**: 0 到 1 之间的浮点数 - **用例**: 量化芳香性特征 #### `dm.descriptors.n_charged_atoms(mol)` 计算具有非零形式电荷的原子数。 - **返回**: 整数计数 - **用例**: 电荷分布分析 #### `dm.descriptors.n_rigid_bonds(mol)` 计算不可旋转键（既非单键也非环键）的数量。 - **返回**: 整数计数 - **用例**: 分子柔性评估 #### `dm.descriptors.n_stereo_centers(mol)` 计算立体异构中心（手性中心）的数量。 - **返回**: 整数计数 - **用例**: 立体化学分析 #### `dm.descriptors.n_stereo_centers_unspecified(mol)` 计算缺乏立体化学说明的立体中心数量。 - **返回**: 整数计数 - **用例**: 识别不完整的立体化学信息 ### 批量描述符计算 #### `dm.descriptors.compute_many_descriptors(mol, properties_fn=None, add_properties=True)` 为单个分子计算多个分子属性。 - **参数**: - `properties_fn`: 自定义描述符函数列表 - `add_properties`: 包含额外的计算属性 - **返回**: 描述符名称到值的字典 - **默认描述符包括**: - 分子量、LogP、氢键供体/受体数量 - 芳香族原子、立体中心、可旋转键 - TPSA（拓扑极性表面积） - 环数量、杂原子数量 - **示例**: python mol = dm.to_mol("CCO") descriptors = dm.descriptors.compute_many_descriptors(mol) # 返回: {'mw': 46.07, 'logp': -0.03, 'hbd': 1, 'hba': 1, ...} #### `dm.descriptors.batch_compute_many_descriptors(mols, properties_fn=None, add_properties=True, n_jobs=1, batch_size=None, progress=False)` 并行计算多个分子的描述符。 - **参数**: - `mols`: 分子列表 - `n_jobs`: 并行任务数（-1 表示使用所有核心） - `batch_size`: 并行处理的分块大小 - `progress`: 显示进度条 - **返回**: 包含结果的 Pandas DataFrame