dnanexus-integration

# DNAnexus 集成 ## 概述 DNAnexus 是一个用于生物医学数据分析和基因组学的云平台。您可以构建和部署应用/小程序，管理数据对象，运行工作流，并使用 dxpy Python SDK 进行基因组学流水线的开发和执行。 ## 何时使用此技能 当您需要执行以下操作时，请使用此技能： - 创建、构建或修改 DNAnexus 应用/小程序 - 上传、下载、搜索或组织文件和记录 - 运行分析、监控作业、创建工作流 - 使用 dxpy 编写与平台交互的脚本 - 设置 dxapp.json，管理依赖项，使用 Docker - 处理 FASTQ, BAM, VCF 或其他生物信息学文件 - 管理项目、权限或平台资源 ## 核心能力 该技能分为五个主要领域，每个领域都有详细的参考文档： ### 1. 应用开发 **目的**: 创建在 DNAnexus 平台上运行的可执行程序（应用/小程序）。 **关键操作**: - 使用 `dx-app-wizard` 生成应用骨架 - 编写带有正确入口点的 Python 或 Bash 应用 - 处理输入/输出数据对象 - 使用 `dx build` 或 `dx build --app` 进行部署 - 在平台上测试应用 **常见用例**: - 生物信息学流水线（比对、变异检测） - 数据处理工作流 - 质量控制和过滤 - 格式转换工具 **参考**: 请参阅 `references/app-development.md` 获取： - 完整的应用结构和模式 - Python 入口点装饰器 - 使用 dxpy 进行输入/输出处理 - 开发最佳实践 - 常见问题及解决方案 ### 2. 数据操作 **目的**: 管理平台上的文件、记录和其他数据对象。 **关键操作**: - 使用 `dxpy.upload_local_file()` 和 `dxpy.download_dxfile()` 上传/下载文件 - 创建和管理带有元数据的记录 - 按名称、属性或类型搜索数据对象 - 在项目间克隆数据 - 管理项目文件夹和权限 **常见用例**: - 上传测序数据 (FASTQ 文件) - 组织分析结果 - 搜索特定样本或实验 - 在项目间备份数据 - 管理参考基因组和注释 **参考**: 请参阅 `references/data-operations.md` 获取： - 完整的文件和记录操作 - 数据对象生命周期（打开/关闭状态） - 搜索和发现模式 - 项目管理 - 批量操作 ### 3. 作业执行 **目的**: 运行分析、监控执行并编排工作流。 **关键操作**: - 启动