esm3-api

# ESM3 API 参考 ## 概述 ESM3 是一款前沿的多模态生成式语言模型，能够对蛋白质的序列、结构和功能进行推理。它使用迭代掩码语言建模（Iterative Masked Language Modeling）在上述三种模态上进行同步生成。 ## 模型架构 **ESM3 系列模型：** | 模型 ID | 参数量 | 可用性 | 适用场景 | |----------|-----------|--------------|----------| | `esm3-sm-open-v1` | 1.4B | 权重开源 (本地) | 开发、测试、学习 | | `esm3-medium-2024-08` | 7B | 仅 Forge API | 生产环境，质量与速度平衡 | | `esm3-large-2024-03` | 98B | 仅 Forge API | 最高质量，科研 | | `esm3-medium-multimer-2024-09` | 7B | 仅 Forge API | 蛋白质复合物 (实验性) | **核心特性：** - 跨序列、结构和功能的同步推理 - 可控步数的迭代生成 - 支持跨模态的部分提示词 (Prompt) - 针对复杂设计的思维链 (Chain-of-thought) 生成 - 用于生成多样性的温度控制 ## 核心 API 组件 ### ESMProtein 类 表示蛋白质的核心数据结构，包含可选的序列、结构和功能信息。 **构造函数：** python from esm.sdk.api import ESMProtein protein = ESMProtein( sequence="MPRTKEINDAGLIVHSP", # 氨基酸序列 (可选) coordinates=coordinates_array, # 3D 结构 (可选) function_annotations=[...], # 功能标签 (可选) secondary_structure="HHHEEEECCC", # 二级结构注释 (可选) sasa=sasa_array # 溶剂可及性 (可选) ) **核心方法：** python # 从 PDB 文件加载 protein = ESMProtein.from_pdb("protein.pdb") # 导出为 PDB 格式 pdb_string = protein.to_pdb() # 保存到文件 with open("output.pdb", "w") as f: f.write(protein.to_pdb()) **掩码约定：** 使用 `_` (下划线) 表示用于生成的掩码位置： python # 为生成掩盖 5-10 位置 protein = ESMProtein(sequence="MPRT______AGLIVHSP") # 完全掩盖序列 (从头生成) protein = ESMProtein(sequence="_" * 200) # 部分结构 (部分坐标为 None) protein = ESMProtein( sequence="MPRTKEIND", coordinates=partial_coords # 部分位置可以是 None ) ### GenerationConfig 类 控制生成行为和参数。 **基础配置：** python from esm.sdk.api import GenerationConfig config =