fragments_scaffolds

# Datamol 碎片与骨架参考 ## 骨架模块 (`datamol.scaffold`) 骨架代表分子的核心结构，对于识别结构家族和分析构效关系 (SAR) 非常有用。 ### Murcko 骨架 #### `dm.to_scaffold_murcko(mol)` 提取 Bemis-Murcko 骨架（分子框架）。 - **方法**: 去除侧链，保留环系统和连接基团 - **返回**: 代表骨架的分子对象 - **用例**: 识别化合物系列中的核心结构 - **示例**: python mol = dm.to_mol("c1ccc(cc1)CCN") # 苯乙胺 scaffold = dm.to_scaffold_murcko(mol) scaffold_smiles = dm.to_smiles(scaffold) # 返回: 'c1ccccc1CC' (苯环 + 乙基连接基团) **骨架分析工作流**: python # 从化合物库中提取骨架 scaffolds = [dm.to_scaffold_murcko(mol) for mol in mols] scaffold_smiles = [dm.to_smiles(s) for s in scaffolds] # 计算骨架频率 from collections import Counter scaffold_counts = Counter(scaffold_smiles) most_common = scaffold_counts.most_common(10) ### 模糊骨架 #### `dm.scaffold.fuzzy_scaffolding(mol, ...)` 生成带有强制基团的模糊骨架，这些基团必须出现在核心中。 - **目的**: 更灵活的骨架定义，允许指定官能团 - **用例**: 超出 Murcko 规则的自定义骨架定义 ### 应用 **基于骨架的拆分** (用于机器学习模型验证): python # 按骨架对化合物分组 scaffold_to_mols = {} for mol, scaffold in zip(mols, scaffolds): smi = dm.to_smiles(scaffold) if smi not in scaffold_to_mols: scaffold_to_mols[smi] = [] scaffold_to_mols[smi].append(mol) # 确保训练集/测试集具有不同的骨架 **SAR 分析**: python # 按骨架分组并分析活性 for scaffold_smi, molecules in scaffold_to_mols.items(): activities = [get_activity(mol) for mol in molecules] print(f"骨架: {scaffold_smi}, 平均活性: {np.mean(activities)}") --- ## 碎片模块 (`datamol.fragment`) 分子碎片化根据化学规则将分子分解成更小的部分，适用于基于碎片的药物设计和子结构分析。 ### BRICS 碎片化 #### `dm.fragment.brics(mol, ...)` 使用 BRICS（逆合成有趣的化学子结构断裂）对分子进行碎片化。 - **方法**: 基于 16 种具有化学意义的键类型进行解剖 - **注意事项**: