geo_reference

# GEO 数据库参考文档 ## 完整的 E-utilities API 规范 ### 概述 NCBI Entrez 编程工具 (E-utilities) 通过一组九个服务器端程序提供对 GEO 元数据的编程访问。所有 E-utilities 默认以 XML 格式返回结果。 ### 基础 URL https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/ ### 核心 E-utility 程序 #### eSearch - 文本查询转 ID 列表 **目的：** 搜索数据库并返回匹配查询的 UID 列表。 **URL 模式：** https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi **参数：** - `db` (必需)：要搜索的数据库 (例如 "gds", "geoprofiles") - `term` (必需)：搜索查询字符串 - `retmax`：返回的最大 UID 数量 (默认：20，最大：10000) - `retstart`：结果集中的起始位置 (用于分页) - `usehistory`：设置为 "y" 以将结果存储在历史服务器上 - `sort`：排序顺序 (例如 "relevance", "pub_date") - `field`：将搜索限制在特定字段 - `datetype`：限制日期的类型 - `reldate`：限制在距今天 N 天内的项目 - `mindate`, `maxdate`：日期范围限制 (YYYY/MM/DD) **示例：** python from Bio import Entrez Entrez.email = "[email protected]" # 基本搜索 handle = Entrez.esearch( db="gds", term="breast cancer AND Homo sapiens", retmax=100, usehistory="y" ) results = Entrez.read(handle) handle.close() # 结果包含： # - Count: 匹配总数 # - RetMax: 返回的 UID 数量 # - RetStart: 起始位置 # - IdList: UID 列表 # - QueryKey: 历史服务器的键 (如果 usehistory="y") # - WebEnv: Web 环境字符串 (如果 usehistory="y") #### eSummary - 文档摘要 **目的：** 检索 UID 列表的文档摘要。 **URL 模式：** https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi **参数：** - `db` (必需)：数据库 - `id` (必需)：逗号分隔的 UID 列表或 query_key+WebEnv - `retmode`：返回格式 ("xml" 或 "json") - `version`：摘要版本 (推荐 "2.0") **示例：** python from Bio import Entrez Entrez.email = "[email protected]" # 获取多个 ID 的摘要 handle = Entrez.esummary( db="gds", id="200000001,200000002", retmode="xml", version="2.0" ) summaries = Entrez.read(handle) handle.close() # GEO 数据集的摘要字段： # - Accession: GDS 登录号 # - title: 数据集标题 # - summary: 数据集描述 # - PDAT: 发布日期 # - n_sampl