gget

# gget ## 概述 gget 是一个命令行生物信息学工具和 Python 包，提供对 20 多个基因组数据库和分析方法的统一访问。通过一致的接口查询基因信息、序列分析、蛋白质结构、表达数据和疾病关联。所有 gget 模块既可作为命令行工具使用，也可作为 Python 函数使用。 **重要提示**：gget 查询的数据库会持续更新，这有时会改变其结构。gget 模块会每两周进行一次自动测试，并在必要时更新以匹配新的数据库结构。 ## 安装 在干净的虚拟环境中安装 gget 以避免冲突： bash # 使用 uv (推荐) uv uv pip install gget # 或者使用 pip uv pip install --upgrade gget # 在 Python/Jupyter 中 import gget ## 快速入门 所有模块的基本使用模式： bash # 命令行 gget [arguments] [options] # Python gget.module(arguments, options) 大多数模块返回： - **命令行**：JSON（默认）或带有 `-csv` 标志的 CSV - **Python**：DataFrame 或字典 各模块通用的标志： - `-o/--out`：将结果保存到文件 - `-q/--quiet`：抑制进度信息 - `-csv`：返回 CSV 格式（仅限命令行） ## 模块分类 ### 1. 参考基因组与基因信息 #### gget ref - 参考基因组下载 检索 Ensembl 参考基因组的下载链接和元数据。 **参数**： - `species`：Genus_species 格式（例如 'homo_sapiens', 'mus_musculus'）。快捷方式：'human', 'mouse' - `-w/--which`：指定返回类型（gtf, cdna, dna, cds, cdrna, pep）。默认：all - `-r/--release`：Ensembl 发布版本号（默认：最新） - `-l/--list_species`：列出可用的脊椎动物物种 - `-liv/--list_iv_species`：列出可用的无脊椎动物物种 - `-ftp`：仅返回 FTP 链接 - `-d/--download`：下载文件（需要 curl） **示例**： bash # 列出可用物种 gget ref --list_species # 获取人类的所有参考文件 gget ref homo_sapiens # 仅下载小鼠的 GTF 注释 gget ref -w gtf -d mouse python # Python gget.ref("homo_sapiens") gget.ref("mus_musculus", which="gtf", download=True) #### gget search - 基因搜索 按名称或描述在物种中定位基因。 **参数**： - `searchwords`：一个或多个搜索词（不区分大小写） - `-s/--species`：目标物种（例如 'homo_sapiens', 'mouse'） - `-r/--release`：Ensembl 发布版本号 - `-t/--id_type`：返回 'gene'