id_mapping_databases

# UniProt ID 映射数据库 UniProt ID 映射服务支持的数据库完整列表。在调用 ID 映射 API 时使用这些数据库名称。 ## 以编程方式检索数据库列表 python import requests response = requests.get("https://rest.uniprot.org/configure/idmapping/fields") databases = response.json() ## UniProt 数据库 ### UniProtKB - `UniProtKB_AC-ID` - UniProt 登录号和 ID - `UniProtKB` - UniProt 知识库 - `UniProtKB-Swiss-Prot` - 已审阅 (Swiss-Prot) - `UniProtKB-TrEMBL` - 未审阅 (TrEMBL) - `UniParc` - UniProt 归档 - `UniRef50` - UniRef 50% 同一性聚类 - `UniRef90` - UniRef 90% 同一性聚类 - `UniRef100` - UniRef 100% 同一性聚类 ## 序列数据库 ### 核苷酸序列 - `EMBL` - EMBL/GenBank/DDBJ - `EMBL-CDS` - EMBL 编码序列 - `RefSeq_Nucleotide` - RefSeq 核苷酸序列 - `CCDS` - 共识 CDS ### 蛋白质序列 - `RefSeq_Protein` - RefSeq 蛋白质序列 - `PIR` - 蛋白质信息资源 ## 基因数据库 - `GeneID` - Entrez 基因 - `Gene_Name` - 基因名称 - `Gene_Synonym` - 基因同义词 - `Gene_OrderedLocusName` - 有序基因座名称 - `Gene_ORFName` - ORF 名称 ## 基因组数据库 ### 通用 - `Ensembl` - Ensembl - `EnsemblGenomes` - Ensembl 基因组 - `EnsemblGenomes_PRO` - Ensembl 基因组蛋白质 - `EnsemblGenomes_TRS` - Ensembl 基因组转录本 - `Ensembl_PRO` - Ensembl 蛋白质 - `Ensembl_TRS` - Ensembl 转录本 ### 物种特异性 - `KEGG` - KEGG 基因 - `PATRIC` - PATRIC - `UCSC` - UCSC 基因组浏览器 - `VectorBase` - VectorBase - `WBParaSite` - WormBase ParaSite ## 结构数据库 - `PDB` - 蛋白质数据库 - `AlphaFoldDB` - AlphaFold 数据库 - `BMRB` - 生物磁共振数据库 - `PDBsum` - PDB 摘要 - `SASBDB` - 小角散射生物数据库 - `SMR` - SWISS-MODEL 存储库 ## 蛋白质家族与结构域数据库 - `InterPro` - InterPro - `Pfam` - Pfam 蛋白质家族 - `PROSITE` - PROSITE - `SMART` - SMART 结构域 - `CDD` - 保守结构域数据库 - `HAMAP` - HAMAP - `PANTHER` - PANTHER - `PRINTS` - PRINTS - `ProDom` - ProDom - `SFLD` - 结构-功能关联数据库 - `SUPFAM` - SUPERFAMILY - `TIGRFAMs` - TIGRFAMs ## 物种特异性数据库 ### 模型生物 - `MGI` - 小鼠基因组信息学 - `RGD` - 大鼠基因组数据库 - `FlyBase` - FlyBase (果蝇) - `WormBase` - WormBase (秀丽隐杆线虫) - `Xenbase` - Xenbase (非洲爪蟾) - `ZFIN` - 斑马鱼信息网络