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# 图像加载与格式 ## 概述 PathML 提供全面的支持，用于从 160 多种专有医学成像格式中加载全切片图像 (WSI)。该框架通过统一的切片类和接口抽象了供应商特定的复杂性，实现了跨不同文件格式对图像金字塔、元数据和感兴趣区域的无缝访问。 ## 支持的格式 PathML 支持以下切片格式： ### 明场显微镜格式 - **Aperio SVS** (`.svs`) - Leica Biosystems - **Hamamatsu NDPI** (`.ndpi`) - Hamamatsu Photonics - **Leica SCN** (`.scn`) - Leica Biosystems - **Zeiss ZVI** (`.zvi`) - Carl Zeiss - **3DHISTECH** (`.mrxs`) - 3DHISTECH Ltd. - **Ventana BIF** (`.bif`) - Roche Ventana - **通用平铺 TIFF** (`.tif`, `.tiff`) ### 医学成像标准 - **DICOM** (`.dcm`) - 医学数字成像和通信标准 - **OME-TIFF** (`.ome.tif`, `.ome.tiff`) - 开放显微镜环境 ### 多参数成像 - **CODEX** - 空间蛋白质组学成像 - **Vectra** (`.qptiff`) - 多重免疫荧光 - **MERFISH** - 多重纠错 FISH PathML 利用 OpenSlide 和其他专用库自动处理格式特定的细微差别。 ## 用于加载图像的核心类 ### SlideData `SlideData` 是 PathML 中表示全切片图像的基础类。 **从文件加载：** python from pathml.core import SlideData # 加载全切片图像 wsi = SlideData.from_slide("path/to/slide.svs") # 使用特定后端加载 wsi = SlideData.from_slide("path/to/slide.svs", backend="openslide") # 从 OME-TIFF 加载 wsi = SlideData.from_slide("path/to/slide.ome.tiff", backend="bioformats") **关键属性：** - `wsi.slide` - 后端切片对象 (OpenSlide, BioFormats 等) - `wsi.tiles` - 图像切片集合 - `wsi.metadata` - 切片元数据字典 - `wsi.level_dimensions` - 图像金字塔层级尺寸 - `wsi.level_downsamples` - 每个金字塔层级的下采样因子 **方法：** - `wsi.generate_tiles()` - 从切片生成切片块 - `wsi.read_region()` - 读取给定层级的特定区域 - `wsi.get_thumbnail()` - 获取缩略图 ### SlideType `SlideType` 是定义支持的切片后端的枚举： python from pathml.core import SlideType # 可用后端 SlideType.OPENSLIDE # 适用于大多数 WSI 格式 (SVS, NDPI 等) SlideType.BIOFORMATS # 适用于 OME-TIFF 和其他格式 SlideType.DICOM # 适用于 DICOM WSI