importing_exporting

# Matchms 导入与导出参考 本文档详细说明了 matchms 中用于加载和保存质谱数据的所有文件格式支持。 ## 导入谱图 Matchms 提供了专门的函数，用于从各种文件格式加载谱图。所有导入函数均返回生成器，以便对大文件进行内存高效处理。 ### 通用导入模式 python from matchms.importing import load_from_mgf # 加载谱图（返回生成器） spectra_generator = load_from_mgf("spectra.mgf") # 转换为列表以进行处理 spectra = list(spectra_generator) ## 支持的导入格式 ### MGF (Mascot Generic Format) **函数**：`load_from_mgf(filename, metadata_harmonization=True)` **描述**：从 MGF 文件加载谱图，这是质谱数据交换的常用格式。 **参数**： - `filename` (str): MGF 文件路径 - `metadata_harmonization` (bool, 默认=True): 应用自动元数据键协调 **示例**： python from matchms.importing import load_from_mgf # 加载并进行元数据协调 spectra = list(load_from_mgf("data.mgf")) # 加载但不进行协调 spectra = list(load_from_mgf("data.mgf", metadata_harmonization=False)) **MGF 格式**：基于文本的格式，包含 BEGIN IONS/END IONS 块，其中包含元数据和峰值列表。 --- ### MSP (NIST Mass Spectral Library Format) **函数**：`load_from_msp(filename, metadata_harmonization=True)` **描述**：从 MSP 文件加载谱图，常用于谱图库。 **参数**： - `filename` (str): MSP 文件路径 - `metadata_harmonization` (bool, 默认=True): 应用自动元数据协调 **示例**： python from matchms.importing import load_from_msp spectra = list(load_from_msp("library.msp")) **MSP 格式**：基于文本的格式，包含 Name/MW/Comment 字段，后跟峰值列表。 --- ### mzML (Mass Spectrometry Markup Language) **函数**：`load_from_mzml(filename, ms_level=2, metadata_harmonization=True)` **描述**：从 mzML 文件加载谱图，这是原始质谱数据的标准 XML 格式。 **参数**： - `filename` (str): mzML 文件路径 - `ms_level` (int, 默认=2): 要提取的 MS 级别（1 为 MS1，2 为 MS2/串联） - `metadata_harmonization` (bool, 默认=True): 应用自动元数据协调 **示例**： python from matchms.importing import load_from_mzml # 加载 MS2 谱图（默认） ms2_spectra = list(load_from_mzml("data.mzML")) # 加载 MS1 谱图