metabolomics-workbench-database

# 代谢组学工作台数据库 (Metabolomics Workbench Database) ## 概述 代谢组学工作台 (Metabolomics Workbench) 是一个由 NIH Common Fund 资助、托管于加州大学圣地亚哥分校 (UCSD) 的综合平台，是代谢组学研究数据的主要存储库。它提供对超过 4,200 项已处理研究（3,790+ 项公开可用）的程序化访问，通过 RefMet 实现标准化的代谢物命名，并支持跨多种分析平台（GC-MS, LC-MS, NMR）的强大搜索功能。 ## 何时使用此技能 当需要查询代谢物结构、访问研究数据、标准化命名、执行质谱搜索或通过代谢组学工作台 REST API 检索基因/蛋白质-代谢物关联时，请使用此技能。 ## 核心能力 ### 1. 查询代谢物结构与数据 访问全面的代谢物信息，包括结构、标识符以及指向外部数据库的交叉引用。 **关键操作：** - 通过各种标识符（PubChem CID, InChI Key, KEGG ID, HMDB ID 等）检索化合物数据 - 下载 MOL 文件或 PNG 格式的分子结构 - 访问标准化的化合物分类 - 在不同代谢物数据库之间进行交叉引用 **查询示例：** python import requests # 通过 PubChem CID 获取化合物信息 response = requests.get('https://www.metabolomicsworkbench.org/rest/compound/pubchem_cid/5281365/all/json') # 下载 PNG 格式的分子结构 response = requests.get('https://www.metabolomicsworkbench.org/rest/compound/regno/11/png') # 通过注册号获取化合物名称 response = requests.get('https://www.metabolomicsworkbench.org/rest/compound/regno/11/name/json') ### 2. 访问研究元数据与实验结果 按各种标准查询代谢组学研究并检索完整的实验数据集。 **关键操作：** - 按代谢物、机构、研究人员或标题搜索研究 - 访问研究摘要、实验因素和分析详情 - 以多种格式检索完整的实验数据 - 下载 mwTab 格式文件以获取完整的研究信息 - 查询非靶向代谢组学数据 **查询示例：** python # 列出所有可用的公开研究 response = requests.get('https://www.metabolomicsworkbench.org/rest/study/study_id/ST/available/json') # 获取研究摘要 response = requests.get('https://www.metabolomicsworkbench.org/rest/study/study_id/ST000001/summary/json') # 检索实验数据 response = requests.get('https://ww