multiparametric

# 多参数成像 ## 概述 PathML 为多参数成像技术提供专门支持，这些技术可在单细胞分辨率下同时测量多个标记物。这些技术包括 CODEX、Vectra 多重免疫荧光、MERFISH 以及其他空间蛋白质组学和转录组学平台。PathML 处理每种技术特有的数据结构、处理需求和量化工作流。 ## 支持的技术 ### CODEX (CO-Detection by indEXing) - 循环免疫荧光成像 - 同时检测 40 多种蛋白质标记物 - 单细胞空间蛋白质组学 - 带有抗体条形码的多周期采集 ### Vectra Polaris - 多光谱多重免疫荧光 - 每张切片 6-8 个标记物 - 光谱拆分 - 全切片扫描 ### MERFISH (Multiplexed Error-Robust FISH) - 空间转录组学 - 100-1000 多个基因 - 单分子分辨率 - 纠错条形码 ### 其他平台 - CycIF (循环免疫荧光) - IMC (成像质谱流式) - MIBI (多重离子束成像) ## CODEX 工作流 ### 加载 CODEX 数据 CODEX 数据通常以来自多个采集周期的多通道图像堆栈形式组织： python from pathml.core import CODEXSlide # 加载 CODEX 数据集 codex_slide = CODEXSlide( path='path/to/codex_directory', stain='IF', # 免疫荧光 backend='bioformats' ) # 检查通道和周期 print(f"通道数量: {codex_slide.num_channels}") print(f"通道名称: {codex_slide.channel_names}") print(f"周期数量: {codex_slide.num_cycles}") print(f"图像形状: {codex_slide.shape}") **CODEX 目录结构：** codex_directory/ ├── cyc001_reg001/ │ ├── 1_00001_Z001_CH1.tif │ ├── 1_00001_Z001_CH2.tif │ └── ... ├── cyc002_reg001/ │ └── ... └── channelnames.txt ### CODEX 预处理流水线 CODEX 数据处理的完整流水线： python from pathml.preprocessing import Pipeline, CollapseRunsCODEX, SegmentMIF, QuantifyMIF # 创建 CODEX 专用流水线 codex_pipeline = Pipeline([ # 1. 合并多周期数据 CollapseRunsCODEX( z_slice=2, # 从 z 堆栈中选择焦平面 run_order=None, # 自动周期排序，或指定 [0, 1, 2, ...] method='max' # 跨周期的 'max', 'mean' 或 'median' ), # 2. 使用 Mesmer 进行细胞分割 SegmentMIF( nuclear_channel='DAPI', cytoplasm_channel='CD45', # 或其他膜