omero-integration

# OMERO 集成 ## 概览 OMERO 是一个用于管理、可视化和分析显微图像及元数据的开源平台。通过 Python API 访问图像、检索数据集、分析像素、管理 ROI 和注释，适用于高内涵筛选和显微成像工作流。 ## 何时使用此技能 当出现以下情况时，应使用此技能： - 使用 OMERO Python API (omero-py) 访问显微成像数据 - 以编程方式检索图像、数据集、项目或筛选数据 - 分析像素数据并创建衍生图像 - 在显微图像上创建或管理 ROI（感兴趣区域） - 向 OMERO 对象添加注释、标签或元数据 - 在 OMERO 表中存储测量结果 - 创建用于批量处理的服务器端脚本 - 执行高内涵筛选分析 ## 核心能力 此技能涵盖八个主要能力领域。每个领域在 references/ 目录中都有详细记录： ### 1. 连接与会话管理 **文件**: `references/connection.md` 建立与 OMERO 服务器的安全连接，管理会话，处理身份验证，并使用组上下文。用于初始设置和连接模式。 **常见场景：** - 使用凭据连接到 OMERO 服务器 - 使用现有的会话 ID - 在组上下文之间切换 - 使用上下文管理器管理连接生命周期 ### 2. 数据访问与检索 **文件**: `references/data_access.md` 导航 OMERO 的分层数据结构（项目 → 数据集 → 图像）和筛选数据（筛选 → 板 → 孔）。检索对象，按属性查询，并访问元数据。 **常见场景：** - 列出用户的所有项目和数据集 - 按 ID 或数据集检索图像 - 访问筛选板数据 - 使用过滤器查询对象 ### 3. 元数据与注释 **文件**: `references/metadata.md` 创建和管理注释，包括标签、键值对、文件附件和评论。将注释链接到图像、数据集或其他对象。 **常见场景：** - 向图像添加标签 - 将分析结果作为文件附加 - 创建自定义键值元数据 - 按命名空间查询注释 ### 4. 图像处理与渲染 **文件**: `references/image_processing.md` 将原始像素数据作为 NumPy 数组访问，操作渲染设置，创建衍生图像，并管理物理维度。 **常见场景：** - 提取像素数据进行计算分析 - 生成缩略图 - 创建最大强度投影 - 修改