overlap

# 重叠检测与 IGD Overlaprs 模块使用集成基因组数据库 (IGD) 数据结构提供基因组区间之间的高效重叠检测。 ## IGD 索引 IGD (Integrated Genome Database) 是一种专门用于快速基因组区间查询和重叠检测的数据结构。 ### 构建 IGD 索引 从基因组区域文件创建索引： python import gtars # 从 BED 文件构建 IGD 索引 igd = gtars.igd.build_index("regions.bed") # 保存索引以供重用 igd.save("regions.igd") # 加载现有索引 igd = gtars.igd.load_index("regions.igd") ### 查询重叠 高效查找重叠区域： python # 查询单个区域 overlaps = igd.query("chr1", 1000, 2000) # 查询多个区域 results = [] for chrom, start, end in query_regions: overlaps = igd.query(chrom, start, end) results.append(overlaps) # 仅获取重叠计数 count = igd.count_overlaps("chr1", 1000, 2000) ## CLI 使用 Overlaprs 命令行工具提供重叠检测功能： bash # 查找两个 BED 文件之间的重叠 gtars overlaprs query --index regions.bed --query query_regions.bed # 计算重叠数量 gtars overlaprs count --index regions.bed --query query_regions.bed # 输出重叠区域 gtars overlaprs overlap --index regions.bed --query query_regions.bed --output overlaps.bed ### IGD CLI 命令 构建并查询 IGD 索引： bash # 构建 IGD 索引 gtars igd build --input regions.bed --output regions.igd # 查询 IGD 索引 gtars igd query --index regions.igd --region "chr1:1000-2000" # 从文件批量查询 gtars igd query --index regions.igd --query-file queries.bed --output results.bed ## Python API ### 重叠检测 计算区域集之间的重叠： python import gtars # 加载两个区域集 set_a = gtars.RegionSet.from_bed("regions_a.bed") set_b = gtars.RegionSet.from_bed("regions_b.bed") # 查找重叠 overlaps = set_a.overlap(set_b) # 获取 A 中与 B 重叠的区域 overlapping_a = set_a.filter_overlapping(set_b) # 获取 A 中与 B 不重叠的区域 non_overlapping_a = set_a.filter_non_overlapping(set_b) ### 重叠统计 计算重叠指标： python # 计算重叠数量 overlap_count = set_a.count_overlaps(set_b) # 计算重叠比例 overlap_fraction = set_a.overlap_fraction(set_b) # 获取重叠覆盖率 coverage = set_a.overlap_coverage(set_b) ## 性能特征 IGD 提供高效查询