parameters_reference

# DiffDock 配置参数参考 本文档提供了所有 DiffDock 配置参数和命令行选项的详细说明。 ## 模型与检查点设置 ### 模型路径 - **`--model_dir`**: 包含评分模型检查点的目录 - 默认值: `./workdir/v1.1/score_model` - DiffDock-L 模型（当前默认） - **`--confidence_model_dir`**: 包含置信度模型检查点的目录 - 默认值: `./workdir/v1.1/confidence_model` - **`--ckpt`**: 评分模型检查点文件名 - 默认值: `best_ema_inference_epoch_model.pt` - **`--confidence_ckpt`**: 置信度模型检查点文件名 - 默认值: `best_model_epoch75.pt` ### 模型版本标志 - **`--old_score_model`**: 使用原始 DiffDock 模型而非 DiffDock-L - 默认值: `false` (使用 DiffDock-L) - **`--old_filtering_model`**: 使用旧版置信度过滤方法 - 默认值: `true` ## 输入/输出选项 ### 输入规范 - **`--protein_path`**: 蛋白质 PDB 文件路径 - 示例: `--protein_path protein.pdb` - `--protein_sequence` 的替代方案 - **`--protein_sequence`**: 用于 ESMFold 折叠的氨基酸序列 - 自动根据序列生成蛋白质结构 - `--protein_path` 的替代方案 - **`--ligand`**: 配体规范（SMILES 字符串或文件路径） - SMILES 字符串: `--ligand "COc(cc1)ccc1C#N"` - 文件路径: `--ligand ligand.sdf` 或 `.mol2` - **`--protein_ligand_csv`**: 用于批量处理的 CSV 文件 - 必需列: `complex_name`, `protein_path`, `ligand_description`, `protein_sequence` - 示例: `--protein_ligand_csv data/protein_ligand_example.csv` ### 输出控制 - **`--out_dir`**: 预测结果的输出目录 - 示例: `--out_dir results/user_predictions/` - **`--save_visualisation`**: 将预测的分子导出为 SDF 文件 - 启用结果可视化 ## 推理参数 ### 扩散步骤 - **`--inference_steps`**: 计划的推理迭代次数 - 默认值: `20` - 更高的值可能会提高准确性，但会增加运行时间 - **`--actual_steps`**: 实际执行的扩散步骤 - 默认值: `19` - **`--no_final_step_noise`**: 在最后一步扩散中省略噪声 - 默认值: `true` ### 采样设置 - **`--samples_per_complex`**: 每个复合物生成的样本数量 - 默认值: `10` - 更多的样本提供更好的覆盖范围，但会增加计算量 - **`--sigma_schedule`**: 噪声调度类型 - 默认值: