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pdb-database
[ SKILL_DOCUMENTATION ]
# PDB 数据库
## 概述
RCSB PDB 是全球生物大分子 3D 结构数据存储库。搜索结构、检索坐标和元数据，在 20 万多个实验测定结构和计算模型中执行序列和结构相似性搜索。
## 何时使用此技能
当需要执行以下操作时，应使用此技能：
- 通过文本、序列或结构相似性搜索蛋白质或核酸 3D 结构
- 下载 PDB、mmCIF 或 BinaryCIF 格式的坐标文件
- 检索结构元数据、实验方法或质量指标
- 对多个结构执行批量操作
- 将 PDB 数据集成到药物研发、蛋白质工程或结构生物学研究的计算工作流中
## 核心能力
### 1. 搜索结构
使用各种搜索标准查找 PDB 条目：
**文本搜索：** 按蛋白质名称、关键词或描述搜索
python
from rcsbapi.search import TextQuery
query = TextQuery("hemoglobin")
results = list(query())
print(f"找到 {len(results)} 个结构")
**属性搜索：** 查询特定属性（生物体、分辨率、方法等）
python
from rcsbapi.search import AttributeQuery
from rcsbapi.search.attrs import rcsb_entity_source_organism
# 查找人类蛋白质结构
query = AttributeQuery(
attribute=rcsb_entity_source_organism.scientific_name,
operator="exact_match",
value="Homo sapiens"
)
results = list(query())
**序列相似性：** 查找与给定序列相似的结构
python
from rcsbapi.search import SequenceQuery
query = SequenceQuery(
value="MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPMVLVGNKCDLPSRTVDTKQAQDLARSYGIPFIETSAKTRQGVDDAFYTLVREIRKHKEKMSKDGKKKKKKSKTKCVIM",
evalue_cutoff=0.1,
identity_cutoff=0.9
)
results = list(query())
**结构相似性：** 查找具有相似 3D 几何形状的结构
python
from rcsbapi.search import StructSimilarityQuery
query = StructSimilarityQuery(
structure_search_type="entry",
entry_id="4HHB" # 血红蛋白
)
results = list(query())
**组合查询：** 使用逻辑运算符构建复杂搜索
python
from rcsbapi.search import TextQuery, AttributeQuery
from rcsbapi.search.attrs import rcsb_entry_info
# 高分辨率人类蛋白质
query1 = AttributeQuery(
attribute=rcsb_entity_source_organism.scientific_name,
operator="
粤公网安备44030002003366号