reactions_data

# Datamol 反应与数据模块参考 ## 反应模块 (`datamol.reactions`) 反应模块支持使用 SMARTS 反应模式以编程方式应用化学转化。 ### 应用化学反应 #### `dm.reactions.apply_reaction(rxn, reactants, as_smiles=False, sanitize=True, single_product_group=True, rm_attach=True, product_index=0)` 将化学反应应用于反应物分子。 - **参数**: - `rxn`: 反应对象（来自 SMARTS 模式） - `reactants`: 反应物分子元组 - `as_smiles`: 返回 SMILES 字符串 (True) 或分子对象 (False) - `sanitize`: 清洗产物分子 - `single_product_group`: 返回单个产物 (True) 或所有产物组 (False) - `rm_attach`: 移除连接点标记 - `product_index`: 从反应中返回哪个产物 - **返回**: 产物分子或 SMILES - **示例**: python from rdkit import Chem # 定义反应: 醇 + 羧酸 → 酯 rxn = Chem.rdChemReactions.ReactionFromSmarts( '[C:1][OH:2].[C:3](=[O:4])[OH:5]>>[C:1][O:2][C:3](=[O:4])' ) # 应用于反应物 alcohol = dm.to_mol("CCO") acid = dm.to_mol("CC(=O)O") product = dm.reactions.apply_reaction(rxn, (alcohol, acid)) ### 创建反应 反应通常使用 RDKit 从 SMARTS 模式创建: python from rdkit.Chem import rdChemReactions # 反应模式: [reactant1].[reactant2]>>[product] rxn = rdChemReactions.ReactionFromSmarts( '[1*][*:1].[1*][*:2]>>[*:1][*:2]' ) ### 验证函数 该模块包含以下功能: - **检查分子是否为反应物**: 验证分子是否匹配反应物模式 - **验证反应**: 检查反应在合成上是否合理 - **处理反应文件**: 从文件或数据库加载反应 ### 常见反应模式 **酰胺形成**: python # 胺 + 羧酸 → 酰胺 amide_rxn = rdChemReactions.ReactionFromSmarts( '[N:1].[C:2](=[O:3])[OH]>>[N:1][C:2](=[O:3])' ) **Suzuki 偶联**: python # 芳基卤化物 + 硼酸 → 联芳基 suzuki_rxn = rdChemReactions.ReactionFromSmarts( '[c:1][Br].[c:2][B]([OH])[OH]>>[c:1][c:2]' ) **官能团转化**: python # 醇 → 酯 esterification = rdChemReactions.ReactionFromSmarts( '[C:1][OH:2].[C:3](=[O:4])[Cl]>>[C:1][O:2][C:3](=[O:4])' ) ### 工作流示例 python import datamol as dm from rdkit.Chem import rdChemReactions # 1. D