scripts

# 脚本与批处理操作 本参考指南涵盖了创建用于服务器端处理和批处理操作的 OMERO.scripts。 ## OMERO.scripts 概述 OMERO.scripts 是在 OMERO 服务器上运行的 Python 脚本，可从 OMERO 客户端（Web、Insight、CLI）调用。它们作为扩展 OMERO 功能的插件运行。 ### 核心功能 - **服务器端执行**：脚本在服务器上运行，避免了数据传输 - **客户端集成**：可从任何带有自动生成 UI 的 OMERO 客户端调用 - **参数处理**：定义带有验证功能的输入参数 - **结果报告**：向客户端返回图像、文件或消息 - **批处理**：高效处理多个图像或数据集 ## 基础脚本结构 ### 最小脚本模板 python #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- import omero from omero.gateway import BlitzGateway import omero.scripts as scripts from omero.rtypes import rlong, rstring, robject def run_script(): """ 主脚本函数。 """ # 脚本定义 client = scripts.client( 'Script_Name.py', """ 描述此脚本的功能。 """, # 输入参数 scripts.String("Data_Type", optional=False, grouping="1", description="选择图像来源", values=[rstring('Dataset'), rstring('Image')], default=rstring('Dataset')), scripts.Long("IDs", optional=False, grouping="2", description="数据集或图像 ID").ofType(rlong(0)), # 输出 namespaces=[omero.constants.namespaces.NSDYNAMIC], version="1.0" ) try: # 获取连接 conn = BlitzGateway(client_obj=client) # 获取脚本参数 script_params = client.getInputs(unwrap=True) data_type = script_params["Data_Type"] ids = script_params["IDs"] # 处理数据 message = process_data(conn, data_type, ids) # 返回结果 client.setOutput("Message", rstring(message)) finally: client.closeSession() def process_data(conn, data_type, ids): """ 根据参数处理图像。 """ # 在此处实现 return "处理完成" if __name__ == "__main__": run_script() ## 脚本参数 ### 参数类型 python # 字符串参数 scripts.String("Name", optional=False, description="输入名称")