setup-deployment

# LaminDB 设置与部署 本文档涵盖了 LaminDB 的安装、配置、实例管理、存储选项以及部署策略。 ## 安装 ### 基础安装 bash # 安装 LaminDB pip install lamindb # 或者使用 pip3 pip3 install lamindb ### 扩展安装 为特定功能安装可选依赖： bash # Google Cloud Platform 支持 pip install 'lamindb[gcp]' # 流式细胞术格式 pip install 'lamindb[fcs]' # 数组存储与流式传输 (Zarr 支持) pip install 'lamindb[zarr]' # AWS S3 支持 (通常默认包含) pip install 'lamindb[aws]' # 多项扩展 pip install 'lamindb[gcp,zarr,fcs]' ### 模块插件 bash # 生物本体 (Bionty) pip install bionty # 湿实验室功能 pip install lamindb-wetlab # 临床数据 (OMOP CDM) pip install lamindb-clinical ### 验证安装 python import lamindb as ln print(ln.__version__) # 检查可用模块 import bionty as bt print(bt.__version__) ## 身份验证 ### 创建账户 1. 访问 https://lamin.ai 2. 注册免费账户 3. 导航至账户设置以生成 API 密钥 ### 登录 bash # 使用 API 密钥登录 lamin login # 系统将提示您输入 API 密钥 # API 密钥存储在本地 ~/.lamin/ ### 身份验证详情 **数据隐私：** LaminDB 身份验证仅收集基本元数据（电子邮件、用户信息）。您的实际数据保持私有，不会发送到 LaminDB 服务器。 **本地与云端：** 即使是仅限本地的使用场景，也需要身份验证以启用协作功能和实例管理。 ## 实例初始化 ### 本地 SQLite 实例 适用于本地开发和小数据集： bash # 在当前目录初始化 lamin init --storage ./mydata # 在指定目录初始化 lamin init --storage /path/to/data # 使用特定模块初始化 lamin init --storage ./mydata --modules bionty # 使用多个模块初始化 lamin init --storage ./mydata --modules bionty,wetlab ### 使用 SQLite 的云存储 使用云存储但本地 SQLite 数据库： bash # AWS S3 lamin init --storage s3://my-bucket/path # Google Cloud Storage lamin init --storage gs://my-bucket/path # S3 兼容存储 (MinIO, Cloudflare R2) lamin init --storage 's3://bucket?endpoint_url=http://endpoint:9000' ### 使用 PostgreSQL 的云存储 适用于生产环境部署： bash # S3 + Postgre