[ PROMPT_NODE_27236 ]
smarts_patterns
[ SKILL_DOCUMENTATION ]
# RDKit 常用 SMARTS 模式
本文档提供了 RDKit 中用于子结构搜索的常用 SMARTS 模式集合。
## 官能团
### 醇类
python
# 伯醇
'[CH2][OH1]'
# 仲醇
'[CH1]([OH1])[CH3,CH2]'
# 叔醇
'[C]([OH1])([C])([C])[C]'
# 任意醇
'[OH1][C]'
# 酚
'c[OH1]'
### 醛和酮
python
# 醛
'[CH1](=O)'
# 酮
'[C](=O)[C]'
# 任意羰基
'[C](=O)'
### 羧酸及其衍生物
python
# 羧酸
'C(=O)[OH1]'
'[CX3](=O)[OX2H1]' # 更具体
# 酯
'C(=O)O[C]'
'[CX3](=O)[OX2][C]' # 更具体
# 酰胺
'C(=O)N'
'[CX3](=O)[NX3]' # 更具体
# 酰氯
'C(=O)Cl'
# 酸酐
'C(=O)OC(=O)'
### 胺类
python
# 伯胺
'[NH2][C]'
# 仲胺
'[NH1]([C])[C]'
# 叔胺
'[N]([C])([C])[C]'
# 芳香胺（苯胺）
'c[NH2]'
# 任意胺
'[NX3]'
### 醚类
python
# 脂肪族醚
'[C][O][C]'
# 芳香族醚
'c[O][C,c]'
### 卤化物
python
# 烷基卤化物
'[C][F,Cl,Br,I]'
# 芳基卤化物
'c[F,Cl,Br,I]'
# 特定卤化物
'[C]F' # 氟化物
'[C]Cl' # 氯化物
'[C]Br' # 溴化物
'[C]I' # 碘化物
### 腈和硝基
python
# 腈
'C#N'
# 硝基
'[N+](=O)[O-]'
# 芳香族硝基
'c[N+](=O)[O-]'
### 硫醇和硫醚
python
# 硫醇
'[C][SH1]'
# 硫醚
'[C][S][C]'
# 二硫化物
'[C][S][S][C]'
# 亚砜
'[C][S](=O)[C]'
# 砜
'[C][S](=O)(=O)[C]'
## 环系统
### 简单环
python
# 苯环
'c1ccccc1'
'[#6]1:[#6]:[#6]:[#6]:[#6]:[#6]:1' # 显式原子
# 环己烷
'C1CCCCC1'
# 环戊烷
'C1CCCC1'
# 任意三元环
'[r3]'
# 任意四元环
'[r4]'
# 任意五元环
'[r5]'
# 任意六元环
'[r6]'
# 任意七元环
'[r7]'
### 芳香环
python
# 环内芳香碳
'[cR]'
# 环内芳香氮（吡啶等）
'[nR]'
# 环内芳香氧（呋喃等）
'[oR]'
# 环内芳香硫（噻吩等）
'[sR]'
# 任意芳香环
'a1aaaaa1'
### 杂环
python
# 吡啶
'n1ccccc1'
# 吡咯
'n1cccc1'
# 呋喃
'o1cccc1'
# 噻吩
's1cccc1'
# 咪唑
'n1cncc1'
# 嘧啶
'n1cnccc1'
# 噻唑
'n1ccsc1'
# 噁唑
'n1ccoc1'
### 稠环
python
# 萘
'c1ccc2ccccc2c1'
# 吲哚
'c1ccc2[nH]ccc2c1'
# 喹啉
'n1cccc2ccccc12'
# 苯并咪唑
'c1ccc2[nH]cnc2c1'
# 嘌呤
'n1cnc2ncnc2c1'
### 大环
粤公网安备44030002003366号