transformations_workflows

# Pymatgen 转换与常见工作流 本参考文档记录了 Pymatgen 的转换框架，并提供了常见材料科学工作流的方案。 ## 转换框架 转换提供了一种系统化的方式来修改结构，同时跟踪修改历史。 ### 标准转换 位于 `pymatgen.transformations.standard_transformations` 中。 #### SupercellTransformation (超胞转换) 使用任意缩放矩阵创建超胞。 python from pymatgen.transformations.standard_transformations import SupercellTransformation # 简单的 2x2x2 超胞 trans = SupercellTransformation([[2,0,0], [0,2,0], [0,0,2]]) new_struct = trans.apply_transformation(struct) # 非正交超胞 trans = SupercellTransformation([[2,1,0], [0,2,0], [0,0,2]]) new_struct = trans.apply_transformation(struct) #### SubstitutionTransformation (取代转换) 替换结构中的物种。 python from pymatgen.transformations.standard_transformations import SubstitutionTransformation # 将所有 Fe 替换为 Mn trans = SubstitutionTransformation({"Fe": "Mn"}) new_struct = trans.apply_transformation(struct) # 部分取代 (50% Fe -> Mn) trans = SubstitutionTransformation({"Fe": {"Mn": 0.5, "Fe": 0.5}}) new_struct = trans.apply_transformation(struct) #### RemoveSpeciesTransformation (移除物种转换) 从结构中移除特定物种。 python from pymatgen.transformations.standard_transformations import RemoveSpeciesTransformation trans = RemoveSpeciesTransformation(["H"]) # 移除所有氢 new_struct = trans.apply_transformation(struct) #### OrderDisorderedStructureTransformation (有序化转换) 对具有部分占位情况的无序结构进行有序化。 python from pymatgen.transformations.standard_transformations import OrderDisorderedStructureTransformation trans = OrderDisorderedStructureTransformation() new_struct = trans.apply_transformation(disordered_struct) #### PrimitiveCellTransformation (原胞转换) 转换为原胞。 python from pymatgen.transformations.standard_transformations import PrimitiveCellTransformation trans = PrimitiveCellTransformation() primitive_struct = trans.apply_transformation(struct) #### ConventionalCellTransformation (惯用胞转换) 转换为惯用胞。 python from pymatgen.transformations.standard_transformations import ConventionalCellTransformation trans = ConventionalCellTransformation() conventional_struct = trans.apply_transformation(struct) #### RotationTransformation (旋转转换) 旋转结构