Etetoolkit 可视化

# ETE Toolkit 可视化指南 使用 ETE Toolkit 进行树状图可视化的完整指南。 ## 目录 1. [渲染基础](#rendering-basics) 2. [TreeStyle 配置](#treestyle-configuration) 3. [节点样式](#node-styling) 4. [Faces (外观组件)](#faces) 5. [布局函数](#layout-functions) 6. [高级可视化](#advanced-visualization) --- ## 渲染基础 ### 输出格式 ETE 支持三种主要输出格式： python from ete3 import Tree tree = Tree("tree.nw") # PNG (位图，适合演示) tree.render("output.png", w=800, h=600, units="px", dpi=300) # PDF (矢量图，适合出版) tree.render("output.pdf", w=200, units="mm") # SVG (矢量图，可编辑) tree.render("output.svg") ### 单位与尺寸 python # 像素 tree.render("tree.png", w=1200, h=800, units="px") # 毫米 tree.render("tree.pdf", w=210, h=297, units="mm") # A4 尺寸 # 英寸 tree.render("tree.pdf", w=8.5, h=11, units="in") # US Letter 尺寸 # 自动尺寸 (保持纵横比) tree.render("tree.pdf", w=200, units="mm") # 高度自动计算 ### 交互式可视化 python from ete3 import Tree tree = Tree("tree.nw") # 启动 GUI # - 鼠标滚轮缩放 # - 拖拽平移 # - Ctrl+F 搜索 # - 从菜单导出 # - 编辑节点属性 tree.show() --- ## TreeStyle 配置 ### 基础 TreeStyle 选项 python from ete3 import Tree, TreeStyle tree = Tree("tree.nw") ts = TreeStyle() # 显示选项 ts.show_leaf_name = True # 显示叶子节点名称 ts.show_branch_length = True # 显示分支长度 ts.show_branch_support = True # 显示支持值 ts.show_scale = True # 显示比例尺 # 分支长度缩放 ts.scale = 50 # 每个分支长度单位对应的像素数 ts.min_leaf_separation = 10 # 叶子节点间的最小间距 (像素) # 布局方向 ts.rotation = 0 # 0=从左到右, 90=从上到下 ts.branch_vertical_margin = 10 # 分支间的垂直间距 # 树形 ts.mode = "r" # "r"=矩形 (默认), "c"=圆形 tree.render("tree.pdf", tree_style=ts) ### 圆形树 python from ete3 import Tree, TreeStyle tree = Tree("tree.nw") ts = TreeStyle() # 圆形模式 ts.mode = "c" ts.arc_start = 0 # 起始角度 (度) ts.arc_span = 360 # 角度跨度 (度, 360=完整圆) # 半圆设置 ts.arc_start = -180 ts.arc_span = 180 tree.render("circular_tr"